Research objects
Mūsų laboratorijoje tyriami baltymai, kurie sudaro amiloidines fibriles arba lašelius.
- Amiloidinės fibrilės yra baltymų agregatai turintys ypatingai tvarkingą beta-klosčių struktūrą, kurie randami įvairių neurodegeneracinių ir kai kuries atvejais širides ligų metu.
- Baltyminiai lašeliai susidaro skysčių fazių atskyrimo metu – fenomenas, kuris atsitinka ląstelės viduje ir gali inicijuoti baltymų agregaciją arba siejamas su tam tikrų baltymų funkcijomis.
Mūsų laboratorijoje turime patirties su šiais baltymais:
- Alzheimerio liga: Amiloido-beta peptidas, S100 baltymų šeima, Tau baltymas.
- Parkinsono liga: Alfa-sinukleinas.
- Kempinligė: Prioniniai baltymai.
- Amiotrofinė lateralinė sklerozė: Žmogaus superoksido dismutazė SOD1.
- Kitos amiloidozės: ß2-mikroglobulinas, transtiretinas
- Modeliniai baltymai: Insulinas, vištos kiaušinio lizocimas.
- Bakterijų ir mielių baltymai: CsgABC, Sup35, Ure2.
- Baltyminiai šaperonai ir reguliaciniai baltymai: 14-3-3, Hsp, DegP.
Metodika
- Gene engineering;
- Protein and nucleic acid electrophoresis;
- Production of recombinant proteins in bacteria;
- Chromatographic methods (e.g. ion exchange chromatography, affinity chromatography, size exclusion chromatography, high-performance liquid chromatography (HPLC)) to purify proteins and other molecules of interest;
- Monitoring of the amyloid aggregation process by measuring the absorption or dynamic light scattering of the solution, or the intensity of amyloid-specific dye fluorescence emission. Subsequently, we analyse aggregation kinetics using chemical kinetics tools;
- Infrared spectroscopy to obtain insights into the secondary structure of amyloid proteins and their aggregates;
- Atomic force microscopy to obtain insights into aggregate morphology and physical parameters (height, length, width, periodicity);
- Mass spectrometry to determine mass of the protein;
- Mechanistic insights into amyloid aggregation process are obtained by exploiting bioinformatic tools such as rModeler or AmyloFit.